Pada masa awal pemerintahan Republik Indonesia, istana ini menjadi saksi sejarah dilakukannya penandatanganan naskah pengakuan kedaulatan Republik Indonesia Serikat oleh Pemerintah Belanda pada tanggal 27 Desember 1949. Republik Indonesia Serikat diwakili oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX, sedangkan Kerajaan Belanda diwakili oleh A.H.J Lovink, Wakil Tinggi Mahkota di Indonesia.
Setelah penandatanganan naskah kedaulatan Republik Indonesia Serikat, bendera merah putih dikibarkan menggantikan bendera Belanda, bersamaan dengan dinyanyikannya lagu Indonesia Raya dan pekik merdeka oleh bangsa Indonesia. Sejak saat itu nama Istana Gambir diganti menjadi Istana Merdeka.
(Istana Kepresidenan RI, Sekretariat Presiden RI,2004)
Sumber : http://www.presidensby.info